南京市中医院（南京中医药大学附属南京中医院、南京市中医院互联网医院、南京市体育医院）成立于1934年，现有2个院区：大明路院区主院区和夫子庙分院区；4个分院（紧密型医联体）：浦口分院（南京市浦口区中医院）、高淳分院（南京市高淳中医院）、滨海分院（盐城市滨海县中医院）和伊宁市金陵维吾尔医医院。现占地面积92亩，建筑面积31.1万㎡，在职人数1985人，其中卫技人员1769人，高级职称567人，硕博士507人。

南京市中医院是新中国成立最早的中医医院之一，传承金陵医派，发展到现在已是一所中医特色突出，现代医技科室设置完善，急诊急救水平过硬的现代化大型三级甲等中医医院。2018年成为南京市人民政府与南京中医药大学共建直属型附属医院，是全国肛肠医疗中心、国家级区域诊疗中心，现有国家级重点学科1个（中医肛肠病学），国家级重点专科7个；江苏省重点学科1个（中医脑病学），江苏省重点专科12个；南京市重点专科19个。医院有全国中医师承指导老师6人，省、市级名中医、名中西医结合专家67人；设有国医大师工作站4个、国家级名中医工作室10个、省级名中医工作室6个、市级名中医工作室39个、国家及省级名中医工作室基层工作站4个、市级名中医工作室基层工作站24个。设立江苏省省级院士工作站-顾晓松院士工作站、江苏省中医肛肠疾病临床医学创新中心、江苏省研究生工作站、江苏省博士后创新实践基地、南京市中医药现代化与大数据研究中心、南京市中医药转化医学基地、南京市普外科临床医学中心、南京市医学重点实验室、南京市临床生物资源样本库等。